La surface totale de la zone cargo dépasse les 12 000 m², dont 4 200 m2 dédiés au stockage des denrées périssables et 8 100 m2 au fret sec (matériaux, pièces détachées,...). La capacité annuelle totale de la zone cargo est de 120 000 tonnes de fret.

Son centre de denrées périssables est l'un des plus grands et l'un des plus modernes d'Europe. Il est constitué de 5 chambres froides (température contrôlée de +2° à +12° C) destinées respectivement au transit de produits tels que les primeurs (légumes, fruits, fleurs,...) mais aussi le poisson, les viandes nues ou les aliments préparés. Il dispose également d'une chambre froide réservée aux produits qui seront exportés, ainsi que d'une chambre de congélation de 20 m2.

La séparation des chambres froides recevant les produits alimentaires de différentes natures, lorsqu'ils sont réceptionnés simultanément, est l'une des exigences des normes vétérinaires européennes.
Le centre de denrées périssables est homologué par les autorités communautaires.
Cette certification est un atout majeur pour l'Aéroport International de Vatry parce qu'elle fait de ce centre un Point d'Inspection Frontalier européen : tous les produits importés transitant par l'aéroport peuvent ainsi être distribués dans toute la Communauté Européenne sans aucune autre procédure douanière.